L'origine del nome di Pellestrina è sempre stato un problema di difficile soluzione. Esso potrebbe essere fatto risalire ad un certo Philistus, siracusano, esiliato in Adria verso il 386 a.C., che avrebbe fatto scavare delle fosse per collegare l'Adige con la laguna di Adria, dalle quali sarebbe derivato il nome di fossiones Philistinae.

L’Isola appariva, e ancora appare, come una lingua di terra lunga circa 11Km e larga mediamente un centinaio di metri, con punte massime di 400-500 metri, ma questa conformazione è il risultato di secoli di traversie a livello di configurazione territoriale, urbanistica e abitativa, dovuta anche ai fenomeni delle maree: la striscia di terra, infatti, doveva essere alquanto più larga, circa il doppio, prima di subire l'erosione del mare. Originariamente, inoltre, Pellestrina era composta da due distinti tratti, divisi da una piccola bocca di porto nella zona centrale, poi interrata, chiamata Portosecco; si trattava del porto di Albiola, che separava il Lido di Albiola, a Nord, da quello di Pellestrina a Sud. Conseguentemente all’interramento del porto di Pastene, i due tratti dell’Isola vennero unificati e il nome Albiola venne assorbito in quello di Portosecco.