L'origine del nome di Pellestrina è sempre stato un problema di difficile soluzione. Esso potrebbe essere fatto risalire ad un certo Philistus, siracusano, esiliato in Adria verso il 386 a.C., che avrebbe fatto scavare delle fosse per collegare l'Adige con la laguna di Adria, dalle quali sarebbe derivato il nome di fossiones Philistinae.

L’Isola appariva, e ancora appare, come una lingua di terra lunga circa 11Km e larga mediamente un centinaio di metri, con punte massime di 400-500 metri, ma questa conformazione è il risultato di secoli di traversie a livello di configurazione territoriale, urbanistica e abitativa, dovuta anche ai fenomeni delle maree: la striscia di terra, infatti, doveva essere alquanto più larga, circa il doppio, prima di subire l'erosione del mare. Originariamente, inoltre, Pellestrina era composta da due distinti tratti, divisi da una piccola bocca di porto nella zona centrale, poi interrata, chiamata Portosecco; si trattava del porto di Albiola, che separava il Lido di Albiola, a Nord, da quello di Pellestrina a Sud. Conseguentemente all’interramento del porto di Pastene, i due tratti dell’Isola vennero unificati e il nome Albiola venne assorbito in quello di Portosecco.

 

Albiola vide l’insediamento di una grossa e fiorente comunità, con ceppi familiari benestanti venuti da Vicenza, Verona, Padova, Monselice e Mantova. Agli inizi dell’anno 800 Albiola, venne rasa al suolo nel confronto franco-bizantino per il controllo delle isole della laguna; gli abitanti, intorno all' 813, dovettero iniziare la ricostruzione, prima di subire l’invasione degli Ungheri, in Italia tra il 902 e il 916, durante la campagna di difesa ingaggiata dai Veneziani contro gli invasori, battaglia che durò più di dieci giorni. In questo periodo il nome di Albiola scomparve a favore del nome di PELLESTRINA.

Teatro di vicende umane, civili, culturali e religiose, l’abitato è presente in numerose fonti: alcuni documenti del 1164 mostrano coltivazioni di vigneti, in altre carte del 1170 si vedono numerosi edifici e vi compare anche una fitta boscaglia (Ca' Roman?). 

Anche Pellestrina, come altre isole, era governata da Tribuni all'inizio e da Gastaldi ducali poi, fino alla prima metà del XIV secolo. Nel 1379 Pellestrina passò sotto Chioggia non solo a livello di giurisdizione ecclesiale ma anche amministrativo.

Nel 1380, dopo la fine della famosa "Guerra di Chioggia" che vide Venezia opposta a Genova, Pellestrina pagò un prezzo altissimo: dopo la devastazione, il podestà di Chioggia inviò nell'Isola quattro nobili famiglie chioggiotte: i Busetto, i Vianello, gli Zennaro e gli Scarpa che suddivisero la zona a sud di Portosecco in quattro " Sestieri ", ancora oggi ciascuno intitolato ad una delle quattro famiglie sopracitate. Iniziò per Pellestrina un periodo di grande fervore durante il quale vennero realizzate molte opere, sia civili che religiose, nonostante il momento amministrativo non fosse dei migliori, in quanto alcuni abitanti spingevano Malamocco a rivendicare il litorale. Infatti nel 1464 i Malamocchini sbarcarono armati, ma il doge di Chioggia ordinò loro di ritirarsi; ulteriori ricorsi furono respinti fino a quando il decreto del Senato, in data 15 maggio 1636, confermò che Pellestrina apparteneva a Chioggia. Appartenne a Chioggia sino al 1797, ma solo il 29 aprile del 1806 fu dichiarato Comune Autonomo; il desiderio degli abitanti era però quello di appartenere al Comune di Venezia, come dimostrano le delibere del 28 marzo e 28 novembre 1920, cui seguì il parere positivo del consiglio Comunale di Venezia con delibera del 26 luglio 1921. Finalmente, nel 1923 con data 8 agosto e decorrenza 8 ottobre, Pellestrina divenne una frazione di Venezia con l'istituzione di un Ufficio separato di Stato Civile per gli atti di nascita, matrimonio e morte. Arriviamo, con questa breve storia ai primi anni del 1900, quando inizia a migliorare la situazione sanitaria, grazie anche alla fondazione dei bagni marini fondati dal dott. Antonio Marella per le cure iodiche vicino al Santuario dell'Apparizione e l'Ospedale Civile.

Baluardo difensivo di questo fragile litorale sospeso tra mare e laguna sono i Murazzi, una muraglia di blocchi di pietra d’Istria che lo proteggono dalle violente onde del mare.

Già nel 1543 l’estremità meridionale dell’Isola, Ca’Roman, era stata distrutta da una forte mareggiata, confermando così la tesi secondo la quale i provvedimenti fino ad allora adottati erano insufficienti a difendere Pellestrina dalla furia del mare.

Così, nel 1716, Vincenzo Maria Coronelli, cosmografo e frate francescano, studiò la costruzione di un difesa stabile mediante una muraglia di blocchi di pietra; la realizzazione dell’opera monumentale, iniziata il 24 aprile 1744, fu affidata all'architetto Bernardino Zendrini  (cui sono tutt’oggi intitolate le locali scuole elementari), che tuttavia non potè vederla compiuta in quanto  i lavori terminarono solo nel 1782, dopo la sua morte.

Ma anche questa grande opera (l'ultima della Serenissima) ha mostrato la sua vulnerabilità quando, il 4 novembre 1966, una tremenda mareggiata si abbattè sul litorale. In quel giorno temette non solo Pellestrina, ma Venezia stessa, in quanto i Murazzi costituiscono un baluardo per la difesa della città.

Dal 1996 per difendere il litorale dalla violenza del mare è stata costruita un'intera spiaggia che si sviluppa per 9 Km, creando un litorale sabbioso, con 18 pennelli in blocchi di roccia perpendicolari alla costa distanti fra loro circa 500m.