Le prime testimonianze, risalenti ai secoli XII e XV, parlano di una piccola cappella in un'isola della laguna chiamata " Santa Maria della Cava", dove, la domenica, la gente con le barche si recava per assistere alla S. Messa, prima che fosse costruita la nuova chiesa. Ancora nel 1745 erano visibili i ruderi di questa isoletta, ora sommersa dalle acque e non più visibile.
Nel 1456, si costruì, dove si trova ora, una piccola chiesetta intitolata a Santa Maria Vergine: un semplice ed angusto oratorio, con un solo altare; rimase così sino al 1616, quando gli abitanti pensarono di ingrandirla contribuendo con elemosine e la dedicarono a Santo Stefano.
Il 31 maggio 1719 con decreto, il Vescovo di Chioggia mons. Soffietti la elevò a chiesa parrocchiale.
In questa chiesa è presente l’Indulgenza della Porziuncola, concessa da papa Leone XIII il 5 dicembre 1883.
La chiesa fu ampliata e restaurata nel 1884, e consiste in una costruzione neoclassica, ad una sola navata, con il coro a semicerchio, dove si trova l'Altare Maggiore recante la tela settecentesca di Santo Stefano ed un artistico Tabernacolo.
Ai lati del coro ci sono due tele ad olio: la Cena di Gesù con gli Apostoli e il Transito di San Giuseppe.
Entrando, a destra l'altare è dedicato alla Beata Vergine della Cintura, mentre a sinistra l'altare è intitolato al Patrono Santo Stefano; questi due altari sono impreziositi da preziosi marmi, provenienti dalla già citata chiesa di santa Maria della Cava.
Importante è l'organo, opera del Callido, mentre il Battistero con i marmi scolpiti è del Rinascimento.
Sulla destra dell’edificio vi è il Campanile a cupola, retaurato verso il 1880, simile a quello della chiesa di Ognissanti di Venezia.
