Il 13 ottobre, dopo aver rinunciato alla corsa delle 10:30, causa un allarme per un possibile attacco aereo, il Giudecca salpa per la successiva corsa delle 12:30.  Il numero di passeggeri è incerto, sicuramente oltre 200, ma altre fonti parlano di 400. Secondo la testimonianza di uno dei sopravvissuti, a bordo sono presenti alcuni militari italiani, tra cui un caporale della contraerea, ed almeno una dozzina di tedeschi. 

 

All'altezza di Pellestrina, la nave è attaccata da aerei alleati. Dopo un primo mitragliamento, la nave è centrata da almeno tre bombe. La prima colpisce la cabina, le altre due la prua e la sala macchine. Le schegge lanciate dall'esplosione arrivano a danneggiare gli edifici del vicino abitato di Ognissanti. Una quarta bomba colpisce una barca che navigava nei pressi del piroscafo, causando ulteriori vittime.

I soccorsi si attivano appena giunta la notizia, e alle 13:30, da Venezia partono tre battelli dell'ACNIL e dell'UNPA, i vigili del fuoco ed alcune squadre dei Servizi Lagunari del Comando Tedesco. I tre battelli rientrano a Riva degli Schiavoni alle 19:00, trasportando una cinquantina dei feriti più gravi. Di questi, alcuni periranno durante il trasporto.

Le salme recuperate furono 67, non tutte identificate. Il numero complessivo di vittime è incerto, in quanto l'unica lista presente a bordo era quella dei membri dell'equipaggio.

Nel numero dei morti non figurano le vittime tedesche le cui salme, secondo alcuni testimoni presenti, furono requisite quasi immediatamente dopo il recupero da militari loro connazionali e portate via in barca.

 

Ma la storia insegna e tramanda le virtù del popolo lagunare: infatti i pescatori di Pellestrina, indifferenti a bombe d’aereo, incuranti dei mitragliamenti, s’imbarcano per prestare immediato soccorso ai naufraghi del “GIUDECCA”. Ma lo sguardo della morte anticipa la propria opera su 67 incolpevoli vite umane.

Una targa è stata posta in memoria dell'evento nella piazza antistante la Chiesa Arcipretale di Ognissanti ed ogni anno, con un corteo acqueo, viene posta una ghirlanda a suffragio delle vittime, nel capitello commemorativo situato in laguna, nel punto in cui affondò il Giudecca.